Cikal akan museum ini lahir tahun 1778, persisnya tanggal 24 April, saat pembentukan Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen. J.C.M. Radermacher, ketua perkumpulan, memberi satu gedung yang berada di Jalan Kalibesar dan dengan koleksi buku serta beberapa benda budaya yang kelak jadi fundamen untuk pendirian museum.
Pada saat pemerintahan Inggris (1811-1816), Sir Thomas Stamford Raffles yang adalah direktur dari Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen memerintah pembangunan gedung baru yang terdapat di Jalan Majapahit No. 3. Gedung ini dipakai jadi museum serta ruangan pertemuan untuk Literary Society (dulu namanya “Societeit de Harmonie”.) Tempat gedung ini saat ini jadi sisi dari kompleks Sekretariat Negara.
Pada tahun 1862, sesudah koleksi penuhi museum di Jalan Majapahit, pemerintah Hindia Belanda membangun gedung yang sampai sekarang masih dihuni. Gedung museum ini dibuka untuk biasa pada tahun 1868.
Sesudah kemerdekaan Indonesia, Instansi Kebudayaan Indonesia yang mengurus menyerahkan museum itu pada pemerintah Republik Indonesia, persisnya pada tanggal 17 September 1962. Semenjak itu pengendalian museum dikerjakan oleh Direktorat Jenderal Kebudayaan, dibawah Kementerian Pendidikan serta Kebudayaan. Mulai tahun 2005, Museum Nasional ada dibawah pengendalian Kementerian Kebudayaan serta Pariwisata berkenaan dengan dipindahnya Direktorat Jenderal Kebudayaan ke lingkungan kementerian itu.
Museum Nasional dikenal juga jadi Museum Gajah sebab dihadiahkannya patung gajah memiliki bahan perunggu oleh Raja Chulalongkorn dari Thailand pada tahun 1871 yang selanjutnya dipasang di halaman depan museum. Meski begitu, semenjak 28 Mei 1979, nama sah instansi ini ialah Museum Nasional Republik Indonesia.
Bangunan Museum Nasional
Dengan style Klasisisme, gedung Museum Nasional Republik Indonesia salah satu bentuk dampak Eropa, khususnya semangat Era Pencerahan, yang ada pada seputar era 18. Gedung ini dibuat pada tahun 1862 oleh pemerintah jadi respon atas perhimpunan Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen yang mempunyai tujuan meneliti riset-riset ilmiah di Hindia Belanda.
Sayap baru ditambah lagi pada tahun 1996 di samping utara gedung lama. Gedung ini disebutkan dengan Unit B atau Gedung Arca.